Исория начинается с того, как герои собираются вместе и рассказывают друг другу страшилки. Играет вступительный ролик. Далее вы играете другим персонажем по имени Базетт Фрага Макремитз. (В Fate/stay night есть небольшое упоминание о ней. Кирей отрубил ей руку и забрал мантру управления Лансера. Боьше о ней ничего не было известно, но здесь её рука на месте.) Она просыпается ночью в особняке и видит перед собой слугу. Это не Лансер. Базетт потеряла память, и помнит только что участвовала в войне за Святой Грааль в городе Фуюки. Она поднимается и начинает с этим слугой участвовать в войне. Слуга оказался необычный. Он чрезвычайно спокойный, не имеет особых навыков и абсолютно лишён чувства совести. Например, он начинает убивать всех подряд людей и говорит, что наверняка кто-нибудь из них окажется хозяином. Базетт была серьёзным магом и не могла позволить ему пользоваться такими грязными приёмами. Ещё не доверяя друг-другу, они приходят в церковь. Там они встречают хозяина Эдельфелт и начинают драться. Однако её хозяина тут же убивает Сэйбер. Точнее две Сэйбер, управляемые двумя хозяевами-близнецами. Базетт умирает и война для неё заканчивается.

Теперь вы наконец управляете Широ. Он просыпается в сарае. По пути в кухню с ним здоровается Сэйбер. Он заходит в гостиную, и видит Сэйбер, Тайгу, Сакуру, Илию и Райдер, завтракающих вместе. Они заводят разговор о том, как Рин взорвала замок Илии, проводя там эксперименты с магией. Илия объясняет, что причинно-следственные связи сместились, диапозон событий исказился и прошлое соединилось с будущим. Рин уезжает в Лондон по заданию Ассоциации Магов. По непонятной причине в городе Фуюки каждый хозяин и слуга был жив (кроме Кирея и Истиного Ассасина), как будто произошла сверх-хорошая концовка Fate/stay night. Однако слуги каким-то образом чувствовали, что война скоро начнётся снова. Хотя большинство из них не хотели сражаться, потому что не было Святого Грааля, который бы исполнил их желание. Но ради защиты своих хозяев и если их хозяева хотели сражаться, они были готовы на всё. Лансер, постоянно рыбачащий в порту, согласился, но сказал, что если понадобиться драться, он готов драться с кем угодно. Широ в целях предосторожности решил обходить город каждую ночь, чтобы убедиться, что всё в порядке. Однажды ночью он заметил чёрную тень. На четвёртую ночь его атакует тёмный монстр. Широ сражается с ним, но монстр размножается и покрывает город. Перед смертью Широ замечает загадочную девушку.

Вы снова оказываетесь в особняке Базетт. Слуга от скуки собирает головоломку, как в первую ночь. Базетт поднимается и слуга спокойно её приветствует. Базетт не понимает, почему она жива, но вскоре решает, что фантазм слуги оживил их и вернул к первому дню. Она быстро ознакомляется с ситуацией и строит планы на войну. Её слуга со скукой заявляет, что в настроении драться только ночью. Базетт говорит, что ему нужно лишь помогать ей в бою, раз он такой слабый. Слуга наконец раскрывает своё имя - Эвенджер, Ангра Манью (В Fate/stay night упоминалось, что Эвенджер был необычным слугой, вызванным в третьей войне; вскоре он к счастью был убит и оказался причиной порчи Святого Грааля). Они выходят на улицу и Базетт показывает своё бойцовское мастерство, круша тёмных монстров голыми руками. Однако, разговаривая со своим слугой, она случайно показывает свои слабости. Например, она с детства думала о герое из книги и хотела ему помочь. В поисках противника они забираются на крышу здания. Базетт говорит, что может только разрушать, и не может сделать ничего хорошего, например пожертвовать на благотворительность. Слуга утишает её, говоря, что деньги - это не всё, а душевное спасение может быть получено только признанием её благодеяний другими людьми; кто-то должен играть роль героя правосудия. Это было эгоистично, но ему это нравилось. Эвенджер был самым слабым и ненадёжным слугой, но Базетт смотрела на него с другой стороны. Он не был силён, но он выжил и защищал её от монстров. Раз у них появилась новая возможность поучаствовать в войне, Базетт решает пока что просто защищать горожан от монстров. Она подозревает, что какой-то маг создал вокруг города барьер. Эвенджеру всё равно, он хочет просто повеселиться.

Снова играем за Широ. Он продолжает весело проводить время со всеми остальными. То и дело вы находите подсказки насчёт происходящих событий: ходят слухи о прибывшем из Святой Церкви новом священнике, Широ находит пустой особняк, который раньше где-то видел, и.т.д. Однако на четвёртый день вы всегда возвращаетесь к первому. Широ хочет пойти ночью в Новый Город, но Арчер, стоящий на крыше соседнего здания, постоянно убивает его. С помощью Сэйбер ему удаётся поймать загадочную девушку, но из неё вырастают большие шипы и снова его убивают.

Снова Базетт. Её убивает Ассасин и она возвращается к первому дню. Она начинает привыкать к постоянным смертям и возвращениям, и собирает информацию о противниках, чтобы получить преимущество. Они снова отравляются воевать. Эвенджер описывает своего хозяина как странную личность. Её внешний вид не совпадает с внутренним миром, как будто она прячется под маской. Сильная снаружи, милая внутри. Эта маска сильно повлияла на её характер. Она приглашает его поужинать вместе, но опустошает тарелку за 3 минуты, говоря, что эффективно использует пищу, не наслаждаясь ею. Они пытаются проникнуть в особняк, похожий на дом Рин. Базетт ждёт, пока Эвенджер взломает замок, но не выдерживает и вышибает дверь. Срабатывает ловушка: на Эвенджера выливается молоко. После этого они начинают ладить между собой и решают выиграть войну.

Снова Широ. Ему рассказывают историю о том, как какая-то женщина заказала 2 блюда, хотя была одна. Она съела только одну, но когда она уходила, вторая тоже была пуста. Когда он идёт делать уборку у Рин, он замечает на полу пролитое молоко. Эти странные события его беспокоят. Тем временем он находит способ победить Арчера, о котором он давно забыл - способность трэйсинга. Он использует мантру, оставшуюся с прошлой войны, чтобы закинуть Сэйбер к Арчеру на крышу, тем временем блокируя его стрелу воплощённым щитом. Арчер побеждён, появляется возможность идти ночью в Новый Город. Широ идёт в церковь. Там его поджидают неизвестная женщина и странный бесформенный слуга. Она говорит, что уже победила остальных слуг, и у Широ не остаётся другого выбора, кроме как драться. поначалу Сеёбер сдерживает противника, но Эвенджер блокирует её меч кинжалом и бьёт вторым. Однако Сэйбер освобождается и смертельно ранит слугу. В этот момент Эвенджер раскрывает Небесный Фантазм: "Verg Avasta - Копия естественного внутреннего мира". Он возвращает полученные повреждения на Сэйбер. Эвенджер говорит Сэйбер, что если она не будеть драться в полную силу, его хозяин убьёт её и Широ. Сэйбер использует Небесный Фантазм, Экскалибур, но на это враг и расчитывает. Базетт контратакует своим оружием "Фрагаратч - Меч Великого Бога Войны". Сэйбер поражена, Широ убит Эвенджером. Но перед этим он говорит странную вещь: чтобы Широ в следующий приводил с собой кого-нибудь, кто хорошо знает Базетту; как будто он сам желает её смерти.

Базетт снова просыпается в том же месте. Она удивлена, почему они снова вернулись к первому дню, хоть и не проиграли. Эвенджер напоминает ей, что война будет прожолжаться вечно, после четвёртого дня они будут возвращаться к первому и с этим ничего не поделаешь. Базетт не знает, что делать. Она думала, что в случае победы этого не произойдёт. Теперь нет никакой гарантии, что даже если они победят всех, цикл остановится. Эвенджер как всегда валяет дурака и ни капли не помагает. Базетт решает, что ей нужно найти причину происходящего. Она отправляется в лесной замок, в надежде что Эйнсберн что-нибудь знает.

Наконец из Лондона возвращается Рин. Она сразу выстраивает теорию насчёт происходящего с Широ. Ложная война идёт по кругу и после каждого цикла воспоминания сохраняются. Следует подозревать в происходящем человека, не принимавшего участие в прошлой войне. Широ сразу приходит в голову такой человек, но он всегда умирал при встрече с ней. Рин говорит, что он неправильно её встречал. Тем временем в школе готовится собрание одноклассников в храме Рюдо. Широ просит Лансера помочь ему кое-кого победить, но Лансер говорит "нет, если это женщина в костюме".

После школьного собрания с Широ мы снова возвращаемся к Базетт. Базетт идёт в замок Илии, но на их пути встаёт Берсеркер. Её контратаки бесполезны, потому что у Берсеркера 12 жизней, а у неё ограниченный боезапас. Эвенджер жертвует собой, чтобы Базетт дошла до замка и поговорила с хозяином Берсеркера. Базетт добираётся до замка, там её уже ждёт Илия. Илия говорит, что Берсеркер не её слуга, а всего лишь призрак; настоящий слуга был побеждён на четвёртый день и этим слугой был Эвенджер. Базетт ничего не понимает, но просит Илию помочь ей преодолеть четырёхдневное ограничение. Илия отвечает, что уже не участвует в войне и не будет помогать Базетте, если она намерена продолжать войну. Базетт уходит из замка и думает о других путях решения проблемы. Она решает выйти на улицу днём и встретиться с волшебниками.

Одноклассники Широ рассказывают друг другу страшилки в храме. Широ отходит по нужде и встречает девушку, которую искал. Её зовут Карен Ортензия. Широ спрашивает, зачем она выпускала тёмных монстров. Она отвечает, что была послана, чтобы узнать исход прошлой войны. Она не желает никому вреда и не имеет отношения к монстрам. Вдруг холм за храмом заполоняют тёмные монстры. Широ и Карен сражаются спиной к спине, чтобы отогнать их. Монстры нацелены на Широ и кричат что-то вроде "ненавижу тебя", "ты станешь одним из нас". Широ воплощает оружие Эвенджера и его сила пробуждается. Когда битва заканчиается, Карен уходит со словами "мы ещё встретимся".

Начиная со следующего цикла, Карен можно встретить в церкви. Однако, когда он с ней разговаривает, он как будто сам не свой и постоянно высказывает чувства ненависти к ней. Говорят они в основном о Карен. Она приехала в город в качестве замены прошлому священнику, чтобы доложить Церкви последствия прошлой войны за Святой Грааль. В прошлом она была ассистентом экзорсиста и её тело мутировало, потому что было чувствительно к силам зла. Она была сиротой. И ещё немного разговоров о добре и зле.

Однажды утром в доме Эмии, Рин обьясняет Широ его положение. Кто-то возобновляет прошлую войну и она длится всего 4 дня, потому что этот кто-то в прошлой войне был повержен на четвёртый день. Посреди разговора в дом заходит гость. Это Базетт и она пришла к Широ. Но пока она говорила с Рин, что-то было не так. Базетт говорит, как будто война ещё идёт, хотя было очевидно, что она давно закончилась. Когда Рин говорит её об этом, Базетт пугается и убегает.

Снова управляем Базетт. Мы видим прошлую жизнь Эвенджера. Он был казнён как демон, хотя не сделал ничего плохого. Базетт просыпается и требует от Эвенджера объяснений. Эвенджер говорит "ну да, война то уже полгода как закончилась и во всех этих циклах виноваты мы". Базетт понимает, что её предали и убегает в церковь. Там она наконец вспоминает, как её предал Кирей и впадает в глубокую агонию. Когда ей оторвали руку и она умирала, она пожелала не умирать. Ей ответили "я исполню твоё желание, если ты станешь моим хозяином". Содержимое Святого Грааля было уже бесполезно. Им обоим нужна была поддержка, чтобы оставаться в этом мире, поэтому и начался цикл. Эвенджер догоняет Базетт, и она говорит "мы не умрём, пока продолжается война, поэтому давай её продолжать, всё равно этому фальшивому миру скоро придёт конец". Эвенджер начинает терять сознание. Земля уходит у него из под ног.

Тем временем Широ обнаруживает особняк Базетт. Там он находит серьгу и относит её к Лансеру, после чего тот соглашается помочь. Лансер и Базет сражаются и одновременно убивают друг друга своими сильнейшими ударами. Эвенджер стоит неподалёку. Он говорит "я проиграл" и превращается в тёмного монстра, после чего говорит Широ, чтобы он нашёл Святой Грааль.

Базетт в очередной раз просыпается. Эвенджер говорит, что ему надоела война и предлагает разорвать контракт. Он говорит, что когда победитель прибудет к Святому Граалю, всё закончится. но Базетт настаивает на продолжении войны. Она испольует командную мантру, чтобы превратить Эвенджера в свою руку.

Широ встречает Илию, которая знала обо всём с самого начала. Мир был скопирован, но все люди, кроме одного, были настоящими. Этот человек носил маску другого, потому что у него не было собственной личности. Широ идёт на свидание с Сэйбер в школу. По дороге домой Сэйбер говорит, что всему этому может прийти конец, но она всегда будет на его стороне. Широ идёт в церковь и разговаривает с Карен, и тут вдруг понимает, что влюблён в неё и силой тащит её в постель.

Последняя ночь. Широ отправляется и Святому Граалю, в небе тёмная луна. Он вместе с Карен поднимается вверх по спиральной лестнице. Тем временем другие хозяева и слуги сражаются с полчищами тёмных монстров, пытающихся остановить Широ. Рин и Арчер охраняют мост в Новый Город. Кастер, Соичиро и Ассасин уничтожают монстров вокруг храма Рюдо. Сакура и Райдер защищают дом Широ. Илия и Берсеркер зачищают улицы города. Гильгамеш добивает тех, кому удаётся проскользнуть. Последней преградой для монстров стоит Сэйбер. Все вместе уверенно сражаются за своё будущее.

Широ/Эвенджер оставляет Карен позади и добирается до вершины. Там его ждёт Базетт, готовая его убить. Она говорит, что не хочет умирать и уверена, что Широ тоже не хочет. Но он хочет положить этому конец, потому что он Герой Правосудия и должен заботиться о других, а не о себе. На самом деле они думают друг о друге. Базетт хочет, чтобы Эвенджер остался с ней в обличии Широ, человеческого существа. Эвенджер хочет освободить её, потому что она ещё жива. Он держал её в живых полгода, и наконец священница нашла её в скрытой комнате особняка и вылечила. Он даёт Базетт силу смириться с реальностью и они решают идти своими дорогами. Святой Грааль рушится. Они бегут навстречу судьбе в разных направлениях.

Эпилог. Базетт просыпается в особняке. Утро. На столе собранная головоломка. Она говорит "прощай" своему слуге и "здравствуй" новому дню.